近日,同济大学附属上海市第四人民医院教授许可、尹贻蒙,上海有机化学研究所研究员张一小,以及清华大学生命科学学院副教授陈春来团队,在国际期刊《核酸研究》发表最新合作研究成果。
他们在国际上首次从结构层面,揭示了先锋转录因子RFX5如何结合核小体并调控其状态,破解了这一“基因放映专家”打开基因“胶卷”的分子机制。
这一发现,为理解基因表达调控机制提供了关键视角,也为类风湿性关节炎、肝细胞性肝癌、胃腺癌、结直肠癌、弥漫性大B细胞淋巴瘤等相关疾病的研究与治疗奠定基础。
许可教授介绍,细胞中的基因像一本超长的“电影剧本”,而DNA就像电影里的胶卷,承载着所有剧情内容。但这条胶卷并不是摊开在桌面上的,而是被紧紧卷在组蛋白组成的“卷轴”上,形成称为核小体的结构,从而使胶卷处于一个牢固的状态。这也会让大部分剧情平时无法播放,起到保护内容并防止随意改动的作用。
但当需要播放电影的时候,需要把胶卷打开。这时有一类拥有特殊钥匙的“放映专家”,科学家称为先锋转录因子,能够先把卷在卷轴上的胶卷拉出来,为后续的“助手团队”(其他因子)创造机会,让它们进入,开始播放或者调整剧情,从而决定细胞未来的命运。
在这些“放映专家”中,RFX5是其中之一,它参与调控免疫系统中非常关键的基因开关。如果它坏了,人会得一种叫“裸淋巴细胞综合征”的严重疾病。以前,科学家知道RFX5能拉出胶卷,但它具体怎么做到,一直没有被看到。
研究团队借助冷冻电镜技术,在国际上首次捕捉到RFX5与核小体的结合画面。结果显示,RFX5的延长DNA结合域(eDBD)能精准结合核小体的SHL+2关键位置:一方面牢牢抓住DNA“胶卷”,另一方面通过Glu102位点像“小钩子”般钩住组蛋白“支架”,促使部分DNA扭转并带动外层“胶卷”从核小体脱出。这种与组蛋白直接接触的方式,被证实是RFX5发挥作用的关键,且可能为先锋转录因子的共有机制。
为验证这一发现,这个团队通过“分子剪刀”(MNase酶切)实验和“分子距离探测”(FRET)实验证实:RFX5结合后,核小体上的DNA更易被酶切、末端距离显著增大,直接证明其能将“胶卷”拉出,使基因信息处于可读取状态。
进一步研究发现,RFX5可在核小体不同位置结合,如同经验丰富的“放映专家”灵活操作;尤其在SHL+2位置时,拉出的DNA能为其他转录因子提供进入通道,助力更多基因“剧情”顺利表达。
该研究明确了RFX5的三大核心作用:精准结合核小体特定位置并稳固“开锁”、将DNA“胶卷”拉出以开放基因信息、为后续转录因子创造作用通道。
据悉,许可、尹贻蒙、张一小、陈春来为该论文共同通讯作者,同济大学薛皖强、田英,上海有机化学研究所韩瑶瑶,清华大学生命科学学院王君正为共同第一作者。
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? 王小光记者 王超 摄
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